Năm 1489, Yoshihisa qua đời trong một cuộc viễn chinh với mục đích đánh bại kẻ thù Rokkaku Takayori, cựu Tướng quân Yoshimasa cũng qua đời ngay sau đó. Sau cái chết của chồng và con trai, Tomiko đã tiến cử con trai của Yoshimi và em gái mình là Ashikaga Yoshitane làm Tướng quân kế nhiệm. Nhưng sau đó, Yoshimi đã gây ra một cuộc binh biến nhằm chống lại quyết sách của Tomiko. Yoshimi đã cho phá hủy tư dinh của bà và tăng cường kiểm soát đối với lãnh địa mà bà đang nắm giữ. Sau khi Yoshimi qua đời, người kế nhiệm Yoshihisa là Yoshiki cũng nổi dậy chống lại quyết định của Tomiko. Tuy vậy, với sự giúp đỡ của Hosokawa Masamoto, Tomiko đã thuận lợi thực hiện một cuộc đảo chính vào năm 1493, sau đó phế truất Yoshiki và đưa Ashikaga Yoshizumi - con trai của Ashikaga Masamoto và là cháu trai của Yoshimasa - lên kế vị. Bà qua đời vào năm 1496, hưởng dương 57 tuổi.